علی مطهری در گفت‌وگو با روزنامه اعتماد با اشاره به ماجرای مازیار ابراهیمی گفت مسئولان امنیتی و اطلاعاتی ایران «برای اينكه به سرعت جوابی به مردم دهند و مسئوليت را از سر خود بازكنند، اقدام به بازداشت افرادی كنند و بعد هم آنان را تحت فشار به اعترافاتی درباره ترور دانشمندان هسته‌ای ايران كنند» و دولت به ‌طور كلی حكومت ایران باید در این زمینه پاسخگو باشند.

مطهری در ادامه گفت: «ما از اينكه اين بی‌گناهان اعدام نشدند، خوشحاليم و همچنين تشكر می‌كنيم از نظام جمهوری اسلامی كه وارد عمل شد و اين افراد را نجات داد ولی به هرحال دولت و وزير اطلاعات سابق (حيدر مصلحی) حتما بايد پاسخگوی اين موارد باشند. آنها بايد بگويند كه چرا و به چه دليل و با چه مجوزی اين اقدامات را انجام دادند. آقای مصلحی بايد پاسخگوی اين سوالات و ابهامات ايجاد شده باشد.»

او همچنین خواستار طرح سوال از سید محمود علوی، وزیر فعلی اطلاعات از سوی نمایندگان مجلس شد و افزود: « او بايد پاسخ سوالات و ابهامات در اين پرونده را از وزير اطلاعات سابق گرفته و به مجلس ارايه دهد.»

محمود صادقی، نماینده تهران در مجلس ایران شنبه 17 اوت 2019، با پرسش از وزیر اطلاعات در توییتی نوشت: «اخیرا مستندی از یکی از تلویزیون‌های خارجی پخش شده که نشان می‌دهد فردی به نام مازیار ابراهیمی که سابقا در برابر دوربین صداوسیما صریحا به نقش خود در فرماندهی ترور دانشمندان هسته‌ای اعتراف کرده بود آزاد شده و در کشور آلمان مقیم شده است. آیا فرد یاد شده واقعا همان فردی است که اعترافات وی از صداوسیما پخش شده بود در صورت صحت، مبنای آزادی او چه بود؟» مطابق گفته صادقی، این سوال تقدیم هیات رئیسه مجلس شده است.

علی مطهری ، نایب رئیس مجلس ایران اذعان کرد که برخی دستگاه‌های ایران برای نشان دادن «به قول خودشان اقتدار نظام»، به مردم دروغ گفته و «افراد بی‌گناهی را متهم می‌كنند» تا ناتوانی‌های خود را پنهان کنند. مطهری این اقدامات را جنایت خواند.

مطهری خواستار عذرخواهی از مازیار ابراهیمی و ساير متهمان پرونده ترور دانشمندان هسته‌ای و جبران خسارت‌های وارده به آنها شد.

مازیار ابراهیمی در سال 1391 به اتهام دست داشتن در ترور دانشمندان هسته‌ای ایران دستگیر شد و در یک مستند تلویزیونی این اتهام را پذیرفت ولی بعدها و در سال 1393 بی‌گناهی‌اش ثابت شد و بی‌سروصدا آزاد شد. مجید فشی، یکی از دیگر افرادی که با اتهامی مشابه دستگیر شده بود، در سال 1391 اعدام شد.

علی ربیعی سخنگوی دولت حسن روحانی مدعی شد که از مازیار ابراهیمی دلجویی شده است ولی با طرح این موضوع که این اتفاق در دولت قبلی رخ داده، از دولت متبوعش سلب مسئولیت کرد. او در توضیح روال رسیدگی به اتهامات مازیار ابراهیمی گفت: «کارشناسان ضدجاسوسی در پرونده مازیار ابراهیمی نبودند و کارشناسان دیگری در این پرونده دخیل بودند.»

پیش از این دفتر علی خامنه‌ای رهبر ایران از پاسخ به استفتایی درباره پخش اعترافات تلویزیونی پیش از اثبات جرم که توسط علی مجتهد زاده وکیل دادگستری ارائه شده بود، امتناع کرد.

نهادهای اطلاعاتی و امنیتی در ایران بارها متهمان را وادار به اعتراف در مقابل دوربین‌های تلویزیونی کرده‌اند و این موضوع واکنش‌های بین‌المللی متعددی در پی داشته است. اتحادیه اروپا، نام محمد سرافراز، رئیس سابق صدا و سیمای ایران را به همین دلیل بعنوان ناقض حقوق بشر در لیست تحریم‌های خود قرار داد. او که پیش از ریاست صدا و سیما، رئیس شبکه انگلیسی‌زبان پرس‌تی‌وی بود، مسوول تمامی برنامه‌ریزی‌ها و تصمیم گیری‌های این شبکه معرفی شد.

پرس‌تی‌وی اعترافات تلویزیونی برخی زندانیان سیاسی را ماه‌ها پیش از برگزاری دادگاه شان پخش کرد که بنا بر بيانيه‌هاى سازمان‌هاى بين‌المللى حقوق بشر این اعترافات «دروغین و اجبارى و تحت شکنجه» گرفته شده‌اند.