در ملاقات سهشنبه ۱۴ دی ماه «محمدجعفر منتظری» دادستان کل کشور با مکارم شیرازی و رییس دادگاه ویژه روحانیت فاز جدید برخورد با روحانیون مستقل مطرح شد.
در دیدار محمدجعفر منتظری دادستان کل کشور و رییس دادگاه ویژه روحانیت با مکارم شیرازی، انتقاد مکارم از فضای مجازی و فایل صوتی منتشر شده مرحوم آیتالله حسینعلی منتظری و فرجام خواهی حجت الاسلام احمد منتظری در ارتباط با حکم ظالمانه صادر شده توسط دادگاه ویژه روحانیت برای ایشان و برخورد با مرجع مستقل شیعه آیتالله محمدرضا نکونام مطرح شد..
در دادگاه ویژه روحانیت، مکارم شیرازی، ضمن انتقاد از «محمدجعفر منتظری» درباره نحوه نگهداری آیتالله محمدرضا نکونام در زندان، رئیس دادگاه ویژه روحانیت را به برخورد شدیدتر با این مرجع مستقل شیعه، فرا خوانده است.
«محمدجعفر منتظری» در دیدار روز سهشنبه خود، با اشاره به فشارهای فزایندهی داخلی و خارجی برای آزادی آیت الله نکونام، ادامه بازداشت این مرجع شیعه را به ضرر نظام و شخص مکارم شیرازی دانسته است.
آیت الله نکونام، با فشار مافياي حوزههای علمیه و نظام و با هدایت مکارم شیرازی، بیش از دو سال است که در زندانهای اوین و قم زندانی بوده است.
پس از آشکار شدن نقش مکارم شیرازی، در بازداشت آیتالله نکونام و شکایت وی از مکارم شیرازی، سیل انتقادات مراجع مستقل، علما و طلاب حوزههای علمیه و همچنین فرهیختگان و افکار عمومی در داخل و خارج از کشور، متوجه مکارم شیرازی گردیده است.
پس از این انتقادات بود که مکارم شیرازی در چندین نوبت، نقش خود را در برخورد با این مرجع شیعه انکار کرد!
انتقاد نکونام از سخنان مکارم شیرازی در مورد فضای مجازی، یکی از علل بازداشت این استاد حوزههای علمیه بوده است. مکارم شیرازی، سخنان از سر ترس خود درباره فضای مجازی را دوباره و با شدت بیشتری در دیدار روز سهشنبه خود با «محمدجعفر منتظری» تکرار کرده است.
وی در این دیدار، در حالی شهر قم را «خاستگاه انقلاب» دانست و گفت «امام راحل قیام خویش را از این شهر مقدس آغاز نموده»، که خود بهتر میداند در «مؤسسه مکتب اسلام» چه گذشت و چه کسی از «شاه پهلوی» جایزه سلطنتی گرفت و او را تنها «شاه شیعه» خواند!
آیتالله محمدرضا نکونام، از اول دیماه ۱۳۹۵، در پی فشارهای دادگاه ویژه روحانیت، دست به اعتصاب غذا و دارو زده و در طی این مدت دو بار به بیمارستان و همچنین چندین نوبت به بهداری زندان ساحلی اعزام شده است.
بر اساس گزارشها، حال جسمانی این استاد برجسته حوزههای علمیه روز به روز در حال وخیم شدن است.