آیت الله نکونام از سال ۱۳۶۰ بخاطر پاره ای از مسایل کلان جاری در کشور از سیاست کناره گیری نمودند و تمام توان خویش را جهت مهندسی فرهنگ تشیع و ایدئولوژی انقلاب اسلامی در حوزه علمیه قم متمرکز ساختند.
از همان سال ۶۰ حساسیت ها نسبت به ایشان افزایش یافت٬ ولی بخاطر رابطه معنوی پدر و فرزندی میان معظم له و مرحوم امام خمینی٬ کسی و یا گروه و حزبی جرأت برخورد با وی را نداشت.
بعد از رحلت بنیانگذار جمهوری اسلامی ایران٬ نیروهای امنیتی جمهوری اسلامی ایران با شائبه اینکه آیت الله نکونام مخالف رهبری آیت الله خامنه ای است و همچنین ممکن است که ایشان داعیه رهبری نظام را داشته باشد٬( تحلیل غلط و یا بر اساس غرض و مرض) وی را بازداشت و با اتهامات واهی وی را به دو سال تبعید به کاشمر محکوم می کنند.
آیت الله العظمی نکونام در سال ۱۳۷۰ بعد از دو سال تبعید به کاشمر٬ به شهر قم باز می گردند٬ و هماره تحت نظر نیروهای امنیتی دادگاه ویژه و سایر مراکز بوده اند.
در سال ۱۳۸۶ آیت الله مکارم شیرازی به بهانه چاپ کتاب تحریف ناپذیری و حجیت قرآن کریم مشکلاتی را برای آیت الله نکونام ایجاد می کند٬ از جمله ابطال مؤسسه و انتشارات ظهور شفق متعلق به دفتر آیت الله نکونام و همچنینممانعت از فروش تمام کتاب های معظم له در سطح کشور با تحریک وزارت اطلاعات و وزارت ارشاد دولت احمدی نژاد.
در سال ۱۳۹۰ آیت الله نکونام بخاطر اعلام مرجعیت و خوف حاکمیت و مافیای حوزه های علمیه از مرجعیت معظم له٬ ایشان را به مدت یک هفته بازداشت می کنند؛ دادگاه ویژه روحانیت در سال ۹۰ دفتر مراجعات وی را بسته اعلاممی کند و اجازه چاپ مجدد رساله های توضیح المسایل را به معظم له نمیدهند و همچنین تمامنسخ آن را از سطح کشور جمع آوری می کنند.
در سال ۱۳۹۳ با گسترش مرجعیت آیت الله نکونام در داخل و خارج از کشور و همچنین بیان این مهماز سوی ایشان که (مرجعیت اعلی و نفر اول حوزه هایعلمیه شیعه من هستم)٬
مجددا این شائبه در اذهان حاکمیت ایجاد شد که اکنون آیت الله نکونام با پیدا کردن تریبون مرجعیت و همچنین استقلال ممکن است قصد براندازی و نیز داعیه رهبری نظامرا داشته باشد.
پس بر اساس توهمات نیروهای امنیتی و یا قصد و غرض و همچنین حسادت برخی از هم ترازان آیت الله نکونام در حوزه های علمیه از جمله مکارم شیرازی٬ نوری همدانی٬ سبحانی و برخی دیگر در نهادهایی چون شورای عالی حوزه های علمیه٬ جامعه مدرسین و مراکز مدیریتی در مرکز مدیریت حوزه های علمیه و جامعة المصطفی العالمیه٬ سیل گزارشات و نامه ها از سوی این افراد و مراکز به شخص رهبری و نیز بیت رهبری٬ مبنی بر برخورد با آیت الله العظمی نکونام گسیل گشت.
در آذرماه سال ۹۳ چندین جلسه توسط برخی از افراد و یا نمایندگان ایشان و یا مراکز یاد شده با شخص رهبری و برخی از اعضای بلندپایه بیت رهبری انجام گشت٬ و بالاخره رضایت رهبری را مبنی بر بازداشت آیت الله نکونام جلب کردند٬ ولی چگونگی و نحوه بازداشت به دادگاه ویژه روحانیت و نیز سازمان اطلاعات سپاه پاسداران واگذار گردید!
